Bạn Nai Nokotan Của Tôi kể về Torako có một bí mật rằng cô từng một thời làm giang hồ. Đối với các bạn cùng lớp, thì cô ấy là một nữ sinh hoàn hảo. Nhưng cuộc sống học đường của Torako dần bị xáo trộn khi Nokotan, một nữ sinh chuyển trường với đôi gạc theo đúng nghĩa đen và có một khứu giác kỳ lạ, nên cô ấy có thể đánh hơi được quá khứ của Torako. Dù là trường học hay sở thú, thì Nokotan vẫn luôn là cô nai kỳ lạ, làm đảo lộn mọi nhận thức thông thường của Torako. Liệu Torako là một cô gái, hay là một con nai hoặc thậm chí là cả hai?